КОНФОРМАЦИОННЫЙ В–А ПЕРЕХОД В МОДЕЛИ МОЛЕКУЛЫ ДНК С НЕСИММЕТРИЧНЫМ ДВУХЪЯМНЫМ ПОТЕНЦИАЛОМ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МЕЖДУ НУКЛЕОТИДАМИ

В работе рассмотрена модификация модели Пейарда–Бишопа с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами и с учетом диссипации. Показано, что при определенном значении коэффициента диссипации в рассматриваемой модели возможно решение в виде кинков – нелинейных уединенных волн переключения между двумя состояниями. В терминах молекулы ДНК это решение описывает переход между двумя устойчивыми конформационными состояниями молекулы ДНК – B–А переход.

Литература

1. Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж. Молекулярная биология клетки. В 2 т. M.: 1994.

2. Иванов В.И. А-ДНК // Соросовский образовательный журнал. 1998. No 1. C. 2.

3. Давыдов А.С. Солитоны в молекулярных системах. Киев: Наук. думка, 1984. 287 с.

4. Волков С.Н. Нелинейные волны и конформационная подвижность ДНК. Киев, 1984. 36 с. (Препринт АНУССР. Ин-т теор. физики: No 52Р).

5. Волков С.Н. О возможности распространения нелинейных волн в ДНК // Проблемы нелинейных и турбулентных процессов в физике. Киев: Наук. думка, 1985, ч. 1. С. 161.

6. Khan A., Bhaumic D. and Dutta-Roy B. The possible role of solitonic process during A to B conformational changes in DNA // Bull. Math. Biol. 1985. Vol. 47. P. 783.

7. Волков С.Н. Развитие нелинейной конформационной динамики ДНК // Биополимеры и клетка. 1990. Т. 6, No 4. С. 21.

8. Пономарев В.О., Шиховцева Е.С. Механизм В →А перехода в молекуле ДН К с упругим взаимодействием между сахарами и азотистыми основаниями // Био- физика. 2000. Т. 45, вып. 1. C. 27.

9. Якушевич Л.В. Нелинейная физика ДНК // Москва; Ижевск: Ин-т компьютерных исследований; Регулярная и хаотическая динамика, 2007. 250 с.

10. Zdravcovic S., Tuszynski J.A., Sataric M.V. Peyrard–Bishop–Dauxois model of DNA dynamics and impact of viscosity // Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2005. Vol. 2, No 2. P. 1.

Статус: 
одобрено к публикации
Краткое содержание (PDF): 
Текст в формате PDF: