ISSN 0869-6632 (Print)
ISSN 2542-1905 (Online)


Cite this article as:

Zakirjanov F. K., Fahretdinov M. I. Conformational b–a transition in the model of dna molecule with asymmetric double­well interaction potential of nucleotides. Izvestiya VUZ. Applied Nonlinear Dynamics, 2010, vol. 18, iss. 1, pp. 80-87. DOI: https://doi.org/10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87

Language: 
Russian

Conformational b–a transition in the model of dna molecule with asymmetric double­well interaction potential of nucleotides

Abstract: 

In this paper we consider a modified Peyrard–Bishop model with asymmetric double­well interaction potential of nucleotides and dissipation. It is shown that at the certain value of dissipation coefficient the model solution takes the form of a kink. In terms of DNA molecule it describes the transition between two stable conformational states of DNA molecules – B–A transition.

DOI: 
10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87
References: 

1. Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж. Молекулярная биология клетки. В 2 т. M.: 1994. 2. Иванов В.И. А-ДНК // Соросовский образовательный журнал. 1998. No 1. C. 2. 3. Давыдов А.С. Солитоны в молекулярных системах. Киев: Наук. думка, 1984. 287 с. 4. Волков С.Н. Нелинейные волны и конформационная подвижность ДНК. Киев, 1984. 36 с. (Препринт АНУССР. Ин-т теор. физики: No 52Р). 5. Волков С.Н. О возможности распространения нелинейных волн в ДНК // Проблемы нелинейных и турбулентных процессов в физике. Киев: Наук. думка, 1985, ч. 1. С. 161. 6. Khan A., Bhaumic D. and Dutta-Roy B. The possible role of solitonic process during A to B conformational changes in DNA // Bull. Math. Biol. 1985. Vol. 47. P. 783. 7. Волков С.Н. Развитие нелинейной конформационной динамики ДНК // Биополимеры и клетка. 1990. Т. 6, No 4. С. 21. 8. Пономарев В.О., Шиховцева Е.С. Механизм В ?А перехода в молекуле ДН К с упругим взаимодействием между сахарами и азотистыми основаниями // Био- физика. 2000. Т. 45, вып. 1. C. 27. 9. Якушевич Л.В. Нелинейная физика ДНК // Москва; Ижевск: Ин-т компьютерных исследований; Регулярная и хаотическая динамика, 2007. 250 с. 10. Zdravcovic S., Tuszynski J.A., Sataric M.V. Peyrard–Bishop–Dauxois model of DNA dynamics and impact of viscosity // Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2005. Vol. 2, No 2. P. 1.

Short text (in English): 
Full text: