Для цитирования:
Закирьянов Ф. К., Фахретдинов М. И. Конформационный В–А переход в модели молекулы ДНК с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами // Известия вузов. ПНД. 2010. Т. 18, вып. 1. С. 80-87. DOI: 10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87
Статья опубликована на условиях лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International (CC-BY 4.0).
Полный текст в формате PDF(Ru):
(загрузок: 147)
Язык публикации:
русский
Тип статьи:
Научная статья
УДК:
577.3
Конформационный В–А переход в модели молекулы ДНК с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами
Авторы:
Закирьянов Фарит Кабирович, Башкирский государственный университет
Фахретдинов Марат Ирекович, Башкирский государственный университет
Аннотация:
В работе рассмотрена модификация модели Пейарда–Бишопа с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами и с учетом диссипации. Показано, что при определенном значении коэффициента диссипации в рассматриваемой модели возможно решение в виде кинков – нелинейных уединенных волн переключения между двумя состояниями. В терминах молекулы ДНК это решение описывает переход между двумя устойчивыми конформационными состояниями молекулы ДНК – B–А переход.
Ключевые слова:
Список источников:
- Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж. Молекулярная биология клетки. В 2 т. M.: 1994.
- Иванов В.И. А-ДНК // Соросовский образовательный журнал. 1998. No 1. C. 2.
- Давыдов А.С. Солитоны в молекулярных системах. Киев: Наук. думка, 1984. 287 с.
- Волков С.Н. Нелинейные волны и конформационная подвижность ДНК. Киев, 1984. 36 с. (Препринт АНУССР. Ин-т теор. физики: No 52Р).
- Волков С.Н. О возможности распространения нелинейных волн в ДНК // Проблемы нелинейных и турбулентных процессов в физике. Киев: Наук. думка, 1985, ч. 1. С. 161.
- Khan A., Bhaumic D. and Dutta-Roy B. The possible role of solitonic process during A to B conformational changes in DNA // Bull. Math. Biol. 1985. Vol. 47. P. 783.
- Волков С.Н. Развитие нелинейной конформационной динамики ДНК // Биополимеры и клетка. 1990. Т. 6, No 4. С. 21.
- Пономарев В.О., Шиховцева Е.С. Механизм В-А перехода в молекуле ДН К с упругим взаимодействием между сахарами и азотистыми основаниями // Био- физика. 2000. Т. 45, вып. 1. C. 27.
- Якушевич Л.В. Нелинейная физика ДНК // Москва; Ижевск: Ин-т компьютерных исследований; Регулярная и хаотическая динамика, 2007. 250 с.
- Zdravcovic S., Tuszynski J.A., Sataric M.V. Peyrard–Bishop–Dauxois model of DNA dynamics and impact of viscosity // Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2005. Vol. 2, No 2. P. 1.
Поступила в редакцию:
12.05.2009
Принята к публикации:
11.06.2009
Опубликована:
31.03.2010
Краткое содержание:
(загрузок: 88)
- 1565 просмотров