Известия высших учебных заведений

Прикладная нелинейная динамика

ISSN 0869-6632 (Print)
ISSN 2542-1905 (Online)


Для цитирования:

Закирьянов Ф. К., Фахретдинов М. И. Конформационный В–А переход в модели молекулы ДНК с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами // Известия вузов. ПНД. 2010. Т. 18, вып. 1. С. 80-87. DOI: 10.18500/0869-6632-2010-18-1-80-87

Статья опубликована на условиях лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International (CC-BY 4.0).
Полный текст в формате PDF(Ru):
(загрузок: 106)
Язык публикации: 
русский
Тип статьи: 
Научная статья
УДК: 
577.3

Конформационный В–А переход в модели молекулы ДНК с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами

Авторы: 
Закирьянов Фарит Кабирович, Башкирский государственный университет
Фахретдинов Марат Ирекович, Башкирский государственный университет
Аннотация: 

В работе рассмотрена модификация модели Пейарда–Бишопа с несимметричным двухъямным потенциалом взаимодействия между нуклеотидами и с учетом диссипации. Показано, что при определенном значении коэффициента диссипации в рассматриваемой модели возможно решение в виде кинков – нелинейных уединенных волн переключения между двумя состояниями. В терминах молекулы ДНК это решение описывает переход между двумя устойчивыми конформационными состояниями молекулы ДНК – B–А переход.  

Список источников: 
  1. Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж. Молекулярная биология клетки. В 2 т. M.: 1994.
  2. Иванов В.И. А-ДНК // Соросовский образовательный журнал. 1998. No 1. C. 2.
  3. Давыдов А.С. Солитоны в молекулярных системах. Киев: Наук. думка, 1984. 287 с.
  4. Волков С.Н. Нелинейные волны и конформационная подвижность ДНК. Киев, 1984. 36 с. (Препринт АНУССР. Ин-т теор. физики: No 52Р).
  5. Волков С.Н. О возможности распространения нелинейных волн в ДНК // Проблемы нелинейных и турбулентных процессов в физике. Киев: Наук. думка, 1985, ч. 1. С. 161.
  6. Khan A., Bhaumic D. and Dutta-Roy B. The possible role of solitonic process during A to B conformational changes in DNA // Bull. Math. Biol. 1985. Vol. 47. P. 783.
  7. Волков С.Н. Развитие нелинейной конформационной динамики ДНК // Биополимеры и клетка. 1990. Т. 6, No 4. С. 21.
  8. Пономарев В.О., Шиховцева Е.С. Механизм В-А перехода в молекуле ДН К с упругим взаимодействием между сахарами и азотистыми основаниями // Био- физика. 2000. Т. 45, вып. 1. C. 27.
  9. Якушевич Л.В. Нелинейная физика ДНК // Москва; Ижевск: Ин-т компьютерных исследований; Регулярная и хаотическая динамика, 2007. 250 с.
  10. Zdravcovic S., Tuszynski J.A., Sataric M.V. Peyrard–Bishop–Dauxois model of DNA dynamics and impact of viscosity // Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2005. Vol. 2, No 2. P. 1.
Поступила в редакцию: 
12.05.2009
Принята к публикации: 
11.06.2009
Опубликована: 
31.03.2010
Краткое содержание:
(загрузок: 77)